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Dal punto di vista morfologico lo Stretto può essere paragonato ad un imbuto con la parte più stretta (tra Capo Peloro in Sicilia e Torre Cavallo in Calabria) verso Nord, mentre verso Sud si apre gradualmente fino al traverso di Capo dell'Armi (Calabria). Il limite settentrionale è nettamente identificabile mentre quello meridionale può avere un significato convenzionale o idrologico; quest'ultimo può essere considerato la linea ideale che congiunge Capo Taormina (Sicilia) con Capo delle Armi (Calabria). Nel caso dello Stretto di Messina, come area idrologica, anche il confine settentrionale è ben più ampio di quello geografico e comprende l'area del Mar Tirreno compresa tra Capo Milazzo, l'arco delle Isole Eolie e le coste del Golfo di Gioia Tauro in Calabria.
Il profilo sottomarino dello Stretto può essere paragonato ad un monte i cui opposti versanti hanno pendenze nettamente differenti. Infatti, nel Mar Tirreno  il fondo marino degrada dolcemente fino a raggiungere i 1000 m nell'area di Milazzo e, per trovare la batimetrica dei 2000 m si deve oltrepassare l'isola di Stromboli. Al contrario, nella parte meridionale (Mare Ionio) il pendio è molto ripido e già tra le città di Messina e Reggio Calabria si oltrepassano i 500 m, per raggiungere i 2000 m al centro della congiungente Capo Taormina - Capo delle Armi.

La minore ampiezza (> 4Km) si riscontra lungo la congiungente Ganzirri - Punta Pezzo cui corrisponde, a livello del fondo, una "sella" sottomarina ove si riscontrano le minori profondità (80-100 m). In questo tratto, il fondo presenta un solco mediano irregolare, con profondità massima di 115 m, che divide una zona occidentale molto irregolare (banco di Ganzirri), da quella orientale di Punta Pezzo, più profonda e pianeggiante.
Il settore Nord dello Stretto è caratterizzato da un'ampia valle (valle di Scilla), con una parte più profonda e ripida a circa 200 m di profondità. La valle comincia poi ad appiattirsi e ad essere meno acclive verso il Mar Tirreno, dove prende il nome di bacino di Palmi. Le pareti laterali della valle, profonde e scoscese, si elevano bruscamente conferendo una forma ad U alla sezione trasversale della valle. Nel settore Sud si trova un'ampia ed irregolare depressione, meno incisa (valle di Messina), avente anch'essa sezione ad U. A profondità superiori ai 500 metri, la valle di Messina si stringe divenendo più profonda e dando origine ad un canyon ripido (canyon di Messina) che giunge fino alla piana batiale dello Ionio. Esso è la principale via di trasporto dei sedimenti, e si estende dalla costa siciliana a quella calabrese.

 
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