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Lo Stretto di Messina è uno dei principali nodi al mondo di migrazione dei volatili, di molti esemplari di fauna marina e dei grandi cetacei.
Quasi tutte le specie di rapaci del Paleartico Occidentale sono state riscontrate sullo Stretto, e la possibilità di osservare specie rare, come l'Albanella pallida, la Poiana codabianca e delle steppe, il Falco della regina, il Lanario, il Capovaccaio è molto elevata. Ogni primavera 20-22.000 rapaci, con punte di 33.000 per stagione, e di 9.500 individui al giorno passano per lo Stretto di Messina.

Trovandosi lo Stretto lungo le principali direttrici del Mediterraneo esso è attraversato da numerose specie marine. Tra queste, certamente i più rilevanti, da un punto di vista economico ed ambientale, sono i grandi pelagici, cioè il tonno (Thunnus thynnus), l'Alalunga (Thunnus alalunga), la Palamita (Sarda sarda), l'Aguglia imperiale (Tetrapturus belone) ed il Pescespada (Xiphias gladius). Proprio la "ricchezza" trofica dello Stretto determina che questi pesci transitino in acque superficiali e possano essere catturati con le particolari barche chiamate "passerelle" o "feluche", attive solo in questa parte del Mediterraneo. Da segnalare ancora che solo nello Stretto, pur se con attrezzi diversi, è possibile catturare il tonno lungo tutto l'arco dell'anno e di tutte le classi d'età, dalle forme giovanili agli organismi adulti, poiché sarebbe presente una popolazione "stanziale" che si muove periodicamente tra i due mari Tirreno e Ionio.

Da considerare, ancora che lo Stretto è un punto di passaggio obbligato per le migrazioni e gli spostamenti  dei Cetacei, probabilmente il più importante nel Mediterraneo in termini di diversità di specie che vi transitano, tra cui sono da segnalare oltre a tutte le specie di delfini presenti in Mediterraneo, le Balenottere e particolarmente i Capodogli che attraversano lo Stretto per andare a riprodursi nell'area delle Isole Eolie.
Infine è da evidenziare la presenza di selacei che migrano attraverso lo Stretto di Messina. Tra questi Carcharodon carcharias (squalo bianco) ed Hexanchus griseus, specie che si riscontra nelle notti di buio di luna a profondità comprese fra 15 e 30 metri in particolari zone dello Stretto (Paradiso, S. Agata).

 
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