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Le lagune salmastre di Ganzirri e Faro sono ubicate nella zona del promontorio di Capo Peloro, sulla costa nord-orientale della Sicilia, circa 9 Km a nord di Messina.
La loro origine è correlata alla formazione alluvionale della costa orientale dello Stretto di Messina e si fa risalire tra il 3000 ed il 2500 a.C. Il materiale alluvionale derivato principalmente da terreni cristallini che si estendevano da Capo Rasocolmo fino ai Peloritani, ha formato le colline  che si affacciano sullo Stretto. Tutta la pianura costiera, che include i due laghi, è derivata quindi dall'apporto di sabbie detritiche e dall'azione delle correnti marine che hanno formato un cordone di dune che si è esteso fino a Capo Peloro. La laguna così creatasi si è suddivisa in più parti, determinando la formazione di quattro pantani: Ganzirri, Faro, Madonna di Trapani e Margi.

Il Margi doveva trovarsi tra quello Madonna di Trapani e quello di Faro (propriamente nella località oggi chiamata Margi) ed era più che altro una palude pestifera al centro della quale, secondo gli antichi, sorgeva un tempio sacro dedicato al Dio Nettuno, fatto erigere da Orione. In seguito il pantano Margi fu del tutto, o almeno in parte, prosciugato da interramenti o per bonifica, mentre il Madonna di Trapani si unificò a quello di Ganzirri formando un unico lago che è l'attuale laguna di Ganzirri.

La Laguna di Ganzirri, nota anche con il nome di "Pantano grande", ha una superficie di 338.400 mq, una forma allungata in senso SW-NE con l'asse maggiore di 1670 m, larghezza massima di 282 m e minima di 94 m. E' formata da due bacini (con caratteristiche fisico-chimiche, batimetria e morfologia del fondo diverse), uno a nord-est la cui profondità massima è di 1 m, ed uno a sud-ovest la cui profondità massima riscontrata è di 6.50 m, separati da una strozzatura. Gli scambi con il mare sono limitati al canale scoperto Carmine (chiamato anche Canalone di Ganzirri o Canale Due Torri) a NE (che permette scambi di acque superficiali con lo Stretto di Messina) ed al canale coperto Catuso a SW. Quest'ultimo canale è molto stretto e solo occasionalmente è aperto al mare. Il toponimo Ganzirri deriva probabilmente dall¿arabo Gadir (stagno, palude). La laguna di Ganzirri è collegata a quella di Faro attraverso il canale Margi.

Il Pantano Faro o "Pantano Piccolo" è situato a nord rispetto a quello di Ganzirri. Ha una superficie di 263.600 mq ed una forma quasi circolare col diametro maggiore in senso NO-SE di 660 m. Questa laguna ha un carattere maggiormente marino rispetto a quella di Ganzirri e raggiunge la sua profondità massima (28 m)  nella parte centro-orientale. La particolarità di questo ambiente è la presenza persistente di idrogeno solforato a profondità superiori ai 10 m (al di sotto delle quali l'ossigeno è assente) e l'esistenza abbondante di microorganismi che riescono a metabolizzare i derivati dello zolfo nell'interfaccia fra la zona ossica e quella anossica. Il toponimo Faro potrebbe trovare una spiegazione nella parola pòros (passaggio, stretto di mare), riferendosi all'intero tratto di mare che separa la costa messinese da quella calabra.

I Pantani di Ganzirri e Faro sono "Beni d'interesse etno-antropologico" (provvedimento declaratorio 1342/88) in quanto sedi di attività lavorative e produttive tradizionali connesse alla molluschicoltura (mitilicoltura e tellinicoltura). La Laguna di Capo Peloro è anche Riserva Naturale Orientata, istituita dalla Regione Siciliana con D.A. 21/6/01, nonché Sito di Importanza Comunitaria (SIC) ai sensi della Direttiva 92/43/CEE e Zona a Protezione Speciale (ZPS) ai sensi della Direttiva 79/409/CEE..

 
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